Mikrochirurgia endodontyczna (resekcje, hemisekcje) znajduje zastosowanie w przypadkach, gdy klasyczne leczenie endodontyczne nie może zostać przeprowadzone z powodu anomalii anatomicznych w budowie systemu kanałowego zęba lub gdy dochodzi do powikłań po nieudanym leczeniu (błędy jatrogenne), takich jak np. zmiany okołowierzchołkowe, złamane narzędzia kanałowe, perforacja kanału w okolicy okołowierzchołkowej, przepchnięcie materiału wypełniającego poza wierzchołek zęba, torbiele itp.
Mikrochirurgia endodontyczna daje możliwość zachowania zębów w jamie ustnej, które z powodu wyżej wymienionych czynników normalnie byłyby skazane na usunięcie. Ma to szczególne znaczenie, gdy dany ząb stanowi filar protetyczny będący kluczowym elementem rozległej pracy protetycznej, którego utrata w konsekwencji pozbawia pacjenta możliwości rehabilitacji stałymi uzupełnieniami protetycznymi.